O protagonista do jogo é Ico (em japonês: イコ, Iko), um jovem garoto com um par de chifres em sua cabeça. Devido aos chifres, ele é considerado um mau presságio por sua aldeia e, seguindo uma tradição da mesma, ele é levado por um grupo de guerreiros a um castelo abandonado que é cercado por água e é trancado dentro de um sarcófago numa cripta.Momentos após a saída dos guerreiros, um tremor percorre o castelo e Ico é capaz de tomar vantagem disto para escapar do sarcófago. Ele então começa a explorar o castelo e, eventualmente, encontra Yorda (em japonês: ヨルダ, Yoruda.), uma garota presa numa jaula que fala em uma língua desconhecida. Ico ajuda Yorda a escapar, mas logo ela é caçada por "criaturas-sombra" (as almas de todas as outras crianças com chifres que foram sacrificadas no castelo) que tentam arrastar o seu corpo em um dos portais dos quais eles emergiram. Apesar de Ico não ser ferido pelas criaturas e poder afastá-los de Yorda, ele descobre que é incapaz de derrotá-los com as suas armas simples. O par traça o seu caminho pelo castelo abandonado, eventualmente chegando à ponte que termina na terra livre. Quando eles começam a atravessá-la, a Rainha, mãe de Yorda e dona do castelo, aparece e diz que Yorda é a sua filha e que ela não pode deixar o casteloIco e Yorda tentam fugir, mas a Rainha destrói parte da ponte. Apesar de Yorda tentar salvá-lo, Ico cai da ponte e perde consciência.Ico acorda nas câmaras sob o castelo, e parte viagem de volta aos níveis superiores do local. Durante o seu caminho, ele encontra a Espada da Rainha, uma espada com o poder de eliminar as criaturas-sombra. Após descobrir que Yorda foi transformada em pedra pela Rainha, ele procura por ela eu sua sala do trono. A Rainha revela que ela está prevenindo que Yorda deixe o castelo para que ela possa prolongar a sua vida, o que ela já fez ao drenar a vida daqueles colocados nos sarcófagosIco e a Rainha travam uma batalha, com Ico perdendo ambos os chifres no processo. Ele consegue penetrar o peito da Rainha com a espada mágica, mas com a sua morte o castelo começa a colapsar e ele perde a consciência novamente devido às ruínas cadentes. O feitiço da Rainha sobre Yorda é então quebrado e, agora como uma criatura-sombra, Yorda carrega Ico para a segurança para fora do castelo e o coloca sobre um barco, enviando-o a uma praia próxima e decidindo não acompanhá-lo. Ico então acorda à beira-mar e vê o castelo em ruínas ao longe. Após andar um pouco pela praia, ele encontra Yorda em sua forma humana, deitada à mercê das ondas, que eventualmente acorda ao seu lado
